药膳的主要原料之一是中药。目前临床应用的多种常用中药中，有五百余种可作为药膳原料。如冬虫夏草、人参、当归、天麻、杜仲、枸杞子等。这些药物在与食物配伍、炮制和应用时都需要遵循中医理论，使它们之间的作用互相补充、协调，否则就会出现差错或影响效果。因此，中国传统医学对药膳应用有严格的禁忌。
药膳的药物配伍禁忌，遵循中药本草学理论，一般参考“十八反”和“十九畏”。“十八反”的具体内容是：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花;乌头反贝母、瓜蒌、半夏、白蔹、白芨;藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、苦参、细辛、芍药。“十九畏”的具体内容是：硫磺畏朴硝，水银畏违规词语，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏赤石脂，人参畏五灵脂。
以上配伍禁忌，可作为用药参考，但非绝对如此。在古今配方应用中也有一些反畏同用的，如党参与五灵脂同用可以补脾胃、止疼痛，这些必须要在有经验的临床医师的指导下应用。
药物与食物配伍禁忌
药物与食物的配伍禁忌是古人的经验总结，后人多遵从于此。其中有些禁忌虽还有待于科学证明，但在没有得出可靠的结论以前还应参照传统说法，以慎用为宜。一般用发汗药应禁生冷，调理脾胃药禁油腻，消肿理气药禁豆类，止咳平喘药禁鱼腥，止泻药禁瓜果。这些禁忌主要包括：猪肉反乌梅、桔梗、黄连、胡芡黄、百合、苍术;羊肉反半夏、菖蒲，忌铜、丹砂;狗肉反商陆，忌杏仁;鲫鱼反厚朴，忌麦冬;猪血忌地黄、何首乌;猪心忌吴茱萸;鲤鱼忌朱砂;雀肉忌白术、李子;葱忌常山、地黄、何首乌、蜜;蒜忌地黄、何首乌;萝卜忌地黄、何首乌;醋忌茯苓;土茯苓、威灵仙忌茶等。这些可供临床应用参考。
食物与食物配伍禁忌
古人对食物与食物的配伍也有一些忌讳，其道理虽不充分，但在药膳应用中可作参考。这些禁忌是：猪肉忌荞麦、鸽肉、鲫鱼、黄豆;羊肉忌醋;狗肉忌蒜;鲫鱼忌芥菜、猪肝;猪血忌黄豆;猪肝忌荞麦、豆酱、鲤鱼肠子、鱼肉;鲤鱼忌狗肉;龟肉忌苋菜、酒、果;鳝鱼忌狗肉、狗血;雀肉忌猪肝;鸭蛋忌桑椹子、李子;鸡肉忌芥末、糯米、李子;鳖肉忌猪肉、兔肉、鸭肉、苋菜、鸡蛋等，这些禁忌的应用主要是宜使人气滞、生风、生疮、发病等。
病人忌口
忌口是中医理论与实践的一个内容。主要包括两类：一是某种病忌某类食物。如：肝病忌辛辣;心病忌咸;水肿忌盐;骨病忌酸甘;胆病忌油腻;寒病忌瓜果;疮疖忌鱼虾;头晕、失眠忌胡椒、辣椒、茶等。另一类是指某类病忌某种食物。如凡症见阴虚内热、痰火内盛、津液耗伤的病人，忌食姜、椒、羊肉之温燥发热饮食;凡外感未除、喉疾、目疾、疮疡、痧痘之后，当忌食芥、蒜、蟹、鸡蛋等发风动气之品;凡属湿热内盛之人，当忌食饴糖、猪肉、酪酥、米酒等助湿生热之饮食;凡中寒脾虚、大病、产后之人，西瓜、李子、田螺、蟹、蚌等积冷损之饮食当忌之;凡各种失血、痔疮、孕妇等人忌食慈菇、胡椒等动血之饮食，妊娠期禁用破血通经、剧毒、催吐及辛热、滑利之品。忌口之说有些已被证明是有道理的，有些则不合实际，在药膳应用中可资参考。